La marca Intercités fue creada en enero de 2006. En aquel momento, los trenes convencionales eran denominados comercialmente Corail, añadiendo sobrenombres para los distintos tipos de trenes. Esta denominación se debía al nombre de los coches de pasajeros utilizados en estos trenes, de la serie Corail. Los Corail Intercités fueron creados como un nuevo tipo de tren que, con material Corail, sirviera a las rutas con menos demanda de tráfico, deteniéndose en una gran cantidad de paradas. Posteriormente SNCF realizó un cambio de denominaciones eliminando la palabra Corail de aquellos trenes con características especiales. Así, los Corail Intercités pasaron a ser conocidos como Intercités, del mismo modo que sucedió con las denominaciones Corail Téoz y Corail Lunéa. El 2 de enero de 2012 SNCF llevó a cabo una reorganización completa de la denominación de todos trenes de larga distancia a excepción de los TGV.1 Las 5 denominaciones existentes hasta entonces, Corail, Lunéa, Téoz, Téoz Éco y la propia Intercités fueron integradas bajo una única marca, siendo Intercités la denominación común elegida, similar a la marca Intercity utilizada para este tipo de trenes a lo largo de toda Europa. La única distinción existente entre los nuevos Intercités es la de Intercités de Jour, trenes diurnos, e Intercités de Nuit, trenes nocturnos que incorporan coches cama.